1、有机肥能改良土壤结构。协调土壤的水、肥、气、热，增强土壤的通气透水能力和保肥、保水、供肥、供水能力。
2、施用有机肥对作物营养生理和生物化学过程能起特殊作用，还能提供二氧化碳气体供作物光合作用之用。
3、有机肥可缓和土壤酸碱性变化，可清除或减轻盐碱类土壤对水稻的危害。
4、有机肥适用性广，对各类土壤及各种农作物都适用。
5、有机肥原料来源广。有人、畜、禽粪尿，土杂肥、厩肥、堆肥、沤肥和绿肥等。可以就地取材，只花工夫，不需投入多少资金，可节省化肥，降低生产成本。
6、有机肥含有多种营养元素。除含氮、磷、钾等大量元素外，还含有许多作物所需的中量元素和微量元素，能给作物提供全面的所需营养。同时还能提高作物的品质和适口性。